Két múzeum is működik az iskolában, mindkettőt a 450. éves fennállás tiszteletére, 2007-ben nyitottuk meg, a régi szertár anyagának restaurálásával. Az egyik a biológia és ásványtani múzeum, a másik pedig a fizikamúzeum.
Az eddig állami tulajdonban levő tárgyak 2007-ben visszakerültek eredeti tulajdonosukhoz, az Unitárius Egyházhoz, és az egyház a Kollégiumot bízta meg a szertár anyagának rendszerezésével és gondozásával. A restaurálási munkálatok nyáron kezdődtek néhány szaktanár, laboráns irányításával és 10 kollégista diák segítségével. A munkálatok reggeltől késő délutánig, néha estig tartottak.
Habár az évek során a leltári anyag száma megcsappant, a tárgyak egy része – gondolok itt elsősorban a biológia múzeumra – még legalább 1-2 év restaurálási munkálatot igényel. Mindkét múzeum felbecsülhetetlen értékű anyagot tartalmaz. A múzeumoknak sok, 200 évnél is régebbi tárgya van. Elődeink igyekeztek Ausztriából, Németországból, Magyarországról olyan eszközöket hozatni, amelyek az illető kor legújabb találmányainak számítottak.
Igyekszünk a restaurálási munkálatokat tovább végezni, gondozni és múzeumként működtetni a két szertárat.
A fizikamúzeumot Körmöczi Jánosról, a biológiamúzeumot pedig Dr. Gelei Józsefről neveztük el.